Todos los Influenzavirus tipo A están categorizados de acuerdo con las dos proteínas que se encuentran en la superficie del virus: Hemaglutinina (H) y Neuraminidasa (N). Todos los virus de influenza contienen hemaglutinina y neuraminidasa, pero la estructura de las proteínas difiere de cepa a cepa debido a una rápida mutación genética en el genoma viral.

Las cepas del virus Influenza A tienen asignadas una nomenclatura basada en la estructura "H-Número" y "N-Número" según que variantes de estas dos proteínas contienen. Hay 16 subtipos "H" y 9 subtipos "N" conocidos en aves, pero sólo 3 "H" y 2 "N" se encuentran por lo general en humanos